Un système d'électrophorèse se compose de deux composants principaux : un bloc d'alimentation et une chambre d'électrophorèse. Le bloc d'alimentation fournit de l'énergie. La « puissance », dans ce cas, est l’électricité. L'électricité provenant de l'alimentation électrique circule, dans un sens, d'une extrémité à l'autre de la chambre d'électrophorèse. La cathode et l’anode de la chambre attirent les particules de charges opposées.
À l’intérieur de la chambre d’électrophorèse se trouve un plateau, plus précisément un plateau de coulée. Le plateau de coulée se compose des parties suivantes : une plaque de verre qui va au fond du plateau de coulée. Le gel est maintenu dans le plateau de coulée. Le "peigne" ressemble à son nom. Le peigne est placé dans des fentes sur le côté du plateau de coulée. Il est placé dans les fentes AVANT que le gel chaud et fondu ne soit versé. Une fois le gel solidifié, le peigne est retiré. Les « dents » du peigne laissent de petits trous dans le gel que nous appelons « puits ». Les puits se forment lorsque le gel chaud et fondu se solidifie autour des dents du peigne. Le peigne est retiré une fois le gel refroidi, laissant des puits. Les puits offrent un endroit pour mettre les particules que vous souhaitez tester. Une personne doit faire très attention à ne pas perturber le gel lors du chargement des particules. Fissuration ou rupture du gel affectera probablement vos résultats.